Arf Newydd ar gyfer Diagnosis Twbercwlosis a Chanfod Ymwrthedd Cyffuriau: Dilyniannu Cenhedlaeth Newydd Wedi'i Dargedu (tNGS) Wedi'i Gyfuno â Dysgu Peiriannau ar gyfer Diagnosis Gorsensitif Twbercwlosis
Adroddiad llenyddiaeth: CCa: model diagnostig yn seiliedig ar tNGS a dysgu peiriannau, sy'n addas ar gyfer pobl â llai o dwbercwlosis bacteriol a llid yr ymennydd twbercaidd.
Teitl y traethawd ymchwil: Dilyniannu cenhedlaeth nesaf wedi'i thargedu'r dwbercwl a dysgu â pheiriant: strategaeth ddiagnostig hynod sensitif ar gyfer tiwbiau ysgyfeiniol a llid yr ymennydd tiwbaidd.
Cyfnodol: 《Clinica Chimica Acta》
OS: 6.5
Dyddiad cyhoeddi: Ionawr 2024
Ar y cyd ag Academi Gwyddorau Tsieineaidd Prifysgol ac Ysbyty Cist Beijing o Brifysgol Feddygol Cyfalaf, sefydlodd Macro & Micro-Test fodel diagnosis twbercwlosis yn seiliedig ar y genhedlaeth newydd o dechnoleg dilyniannu wedi'i dargedu (tNGS) a dull dysgu peiriant, a oedd yn darparu dull tra-uchel. sensitifrwydd canfod ar gyfer twbercwlosis gydag ychydig o facteria a llid yr ymennydd twbercwlaidd, yn darparu dull diagnosis gorsensitifrwydd newydd ar gyfer diagnosis clinigol o ddau fath o dwbercwlosis, a helpodd y diagnosis cywir, canfod ymwrthedd i gyffuriau a thrin twbercwlosis.Ar yr un pryd, canfyddir y gellir defnyddio plasma cfDNA y claf fel math sampl addas ar gyfer samplu clinigol wrth wneud diagnosis o TBM.
Yn yr astudiaeth hon, defnyddiwyd 227 o samplau plasma a samplau hylif serebro-sbinol i sefydlu dwy garfan glinigol, lle defnyddiwyd y samplau carfan diagnostig labordy i sefydlu'r model dysgu peiriant o ddiagnosis twbercwlosis, a defnyddiwyd y samplau carfan diagnostig clinigol i wirio'r prawf sefydledig. model diagnostig.Targedwyd yr holl samplau yn gyntaf gan gronfa archwilio wedi'i thargedu a gynlluniwyd yn arbennig ar gyfer Mycobacterium tuberculosis.Yna, yn seiliedig ar ddata dilyniannu TB-tNGS, defnyddir y model coeden benderfynu i berfformio traws-ddilysiad 5-plyg ar setiau hyfforddi a dilysu'r ciw diagnostig labordy, a cheir trothwyon diagnostig samplau plasma a samplau hylif cerebro-sbinol.Mae'r trothwy a gafwyd yn cael ei ddwyn i mewn i ddwy set brawf o giw diagnosis clinigol i'w ganfod, ac mae perfformiad diagnostig y dysgwr yn cael ei werthuso gan gromlin ROC.Yn olaf, cafwyd y model diagnosis o dwbercwlosis.
Ffig. 1 diagram sgematig o ddyluniad ymchwil
Canlyniadau: Yn ôl trothwyon penodol sampl DNA CSF (AUC = 0.974) a sampl plasma cfDNA (AUC = 0.908) a bennwyd yn yr astudiaeth hon, ymhlith 227 o samplau, sensitifrwydd sampl CSF oedd 97.01%, y penodoldeb oedd 95.65%, a sensitifrwydd a phenodoldeb sampl plasma oedd 82.61% ac 86.36%.Yn y dadansoddiad o 44 o samplau pâr o cfDNA plasma a DNA hylif serebro-sbinol gan gleifion TBM, mae gan strategaeth ddiagnostig yr astudiaeth hon gysondeb uchel o 90.91% (40/44) mewn plasma cfDNA a DNA hylif serebro-sbinol, a'r sensitifrwydd yw 95.45% (42/44).Mewn plant â thwbercwlosis ysgyfeiniol, mae strategaeth ddiagnostig yr astudiaeth hon yn fwy sensitif i samplau plasma na chanlyniadau canfod Xpert o samplau sudd gastrig gan yr un cleifion (28.57% VS 15.38%).
Ffig. 2 Dadansoddiad o berfformiad model diagnosis twbercwlosis ar gyfer samplau poblogaeth
Ffig. 3 Canlyniadau diagnostig o samplau pâr
Casgliad: Sefydlwyd dull diagnostig hypersensitif ar gyfer twbercwlosis yn yr astudiaeth hon, a all ddarparu offeryn diagnostig gyda'r sensitifrwydd canfod uchaf ar gyfer cleifion clinigol â thwbercwlosis oligobacillary (diwylliant negyddol).Gall canfod twbercwlosis gorsensitif yn seiliedig ar plasma cfDNA fod yn fath sampl addas ar gyfer diagnosis twbercwlosis gweithredol a llid yr ymennydd twbercwlaidd (mae samplau plasma yn haws i'w casglu na hylif serebro-sbinol ar gyfer cleifion yr amheuir bod twbercwlosis yr ymennydd arnynt).
Dolen wreiddiol: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990?trwy % 3Dihub
Cyflwyniad byr o Macro a Micro-Prawf cynhyrchion twbercwlosis gyfres canfod....
Yn wyneb sefyllfa sampl gymhleth cleifion twbercwlosis ac anghenion amrywiol, mae Macro & Micro-Test yn darparu set gyflawn o atebion NGS ar gyfer echdynnu hylifedd o samplau sbwtwm, adeiladu a dilyniannu llyfrgell Qualcomm, a dadansoddi data.Mae'r cynhyrchion yn cynnwys diagnosis cyflym o gleifion twbercwlosis, canfod ymwrthedd i gyffuriau o dwbercwlosis, teipio mycobacterium twbercwlosis a NTM, diagnosis gorsensitifrwydd twbercwlosis bacteria-negyddol a phobl twbercwlaidd, ac ati.
Pecynnau canfod cyfresol ar gyfer twbercwlosis a mycobacteria:
| Rhif yr Eitem | Enw Cynnyrch | cynnwys profi cynnyrch | math o sampl | model cymwys |
| HWTS-3012 | Asiant rhyddhau sampl | Wedi'i ddefnyddio wrth drin hylifau samplau sbwtwm, mae wedi cael rhif cofnod o'r radd flaenaf, Sutong Machinery Equipment 20230047. | sbwtwm | |
| HWTS-NGS-P00021 | Pecyn canfod maint Qualcomm ar gyfer twbercwlosis gorsensitif (dull dal stiliwr) | Canfod gorsensitifrwydd anfewnwthiol (biopsi hylif) ar gyfer twbercwlosis pwlmonaidd bacteria-negyddol a nodiwlau ymennydd;Dadansoddwyd y samplau o bobl yr amheuir eu bod wedi'u heintio â thwbercwlosis neu mycobacteria nad yw'n dwbercwlosis gan fetagenomeg dilyniannu manwl uchel, a'r wybodaeth ganfod a oedd mycobacteria twbercwlosis neu ddi- dwbercwlosis wedi'u heintio a'r brif wybodaeth ymwrthedd cyffuriau llinell gyntaf o mycobacterium tuberculosis. eu darparu. | Gwaed ymylol, hylif lavage alfeolaidd, hydrothoracs ac ascites, sampl twll ffocws, hylif serebro-sbinol. | Ail genhedlaeth |
| HWTS-NGS-T001 | Teipio mycobacterium a phecyn canfod ymwrthedd i gyffuriau (dull dilyniannu ymhelaethu amlblecs) | Prawf teipio mycobacterium, gan gynnwys MTBC a 187 NTM；Mae canfod ymwrthedd i gyffuriau Mycobacterium tuberculosis yn cwmpasu 13 o gyffuriau ac 16 o safleoedd treiglo craidd genynnau ymwrthedd i gyffuriau. | Sputum, hylif lavage alfeolaidd, hydrothoracs ac ascites, sampl twll ffocws, hylif serebro-sbinol. | Llwyfan deuol ail/trydedd genhedlaeth |
Uchafbwyntiau: HWTS-NGS-T001 Teipio mycobacterium a phecyn canfod ymwrthedd i gyffuriau (dull mwyhau amlblecs)
Cyflwyniad cynnyrch
Mae'r cynnyrch yn seiliedig ar y prif gyffuriau llinell gyntaf ac ail linell a ddisgrifir yng nghanllawiau triniaeth TB WHO, macrolidau ac aminoglycosidau a ddefnyddir yn gyffredin yn y canllawiau triniaeth NTM, ac mae'r safleoedd ymwrthedd i gyffuriau yn cwmpasu pob un grŵp o safleoedd sy'n gysylltiedig ag ymwrthedd i gyffuriau yn y Catalog treiglo cymhleth Mycobacterium tuberculosis WHO, yn ogystal â genynnau ymwrthedd cyffuriau a safleoedd treiglo eraill yr adroddwyd amdanynt yn ôl ymchwiliad ac ystadegau llenyddiaethau â sgôr uchel gartref a thramor.
Mae adnabod teipio yn seiliedig ar y straenau NTM a grynhoir yng nghanllawiau'r NTM a gyhoeddwyd gan Chinese Journal of Tuberculosis and Respiratory Diseases a chonsensws arbenigwyr.Gall y paent preimio teipio a ddyluniwyd ymhelaethu, dilyniannu ac anodi mwy na 190 o rywogaethau NTM.
Trwy dechnoleg mwyhau PCR amlblecs wedi'i thargedu, cafodd genynnau genoteipio a genynnau sy'n gwrthsefyll cyffuriau Mycobacterium eu chwyddo gan PCR amlblecs, a chafwyd y cyfuniad amplicon o enynnau targed i'w canfod.Gellir adeiladu'r cynhyrchion chwyddedig yn lyfrgelloedd dilyniannu trwybwn uchel ail genhedlaeth neu drydedd genhedlaeth, a gall pob platfform dilyniannu ail genhedlaeth a thrydedd genhedlaeth fod yn destun dilyniannu dyfnder uchel i gael gwybodaeth dilyniant genynnau targed.Trwy gymharu â'r treigladau hysbys sydd wedi'u cynnwys yn y gronfa ddata gyfeirio fewnol (gan gynnwys catalog treiglo cymhleth Mycobacterium tuberculosis WHO a'i berthynas ag ymwrthedd i gyffuriau), penderfynwyd ar y treigladau sy'n ymwneud ag ymwrthedd i gyffuriau neu ragdueddiad cyffuriau gwrth-dwbercwlosis.Ar y cyd â'r datrysiad triniaeth sampl crachboer hunan-agor o Macro & Micro-Prawf, datryswyd y broblem o effeithlonrwydd chwyddo asid niwclëig isel o samplau crachboer clinigol (deg gwaith yn uwch na dulliau traddodiadol), fel y gellir canfod dilyniant ymwrthedd cyffuriau. cymhwyso'n uniongyrchol i samplau sbwtwm clinigol.
Amrediad canfod cynnyrch
34genynnau sy'n gysylltiedig ag ymwrthedd i gyffuriau o18cyffuriau gwrth-twbercwlosis a6Canfuwyd cyffuriau NTM, yn gorchuddio297safleoedd ymwrthedd i gyffuriau;Deg math o Mycobacterium twbercwlosis a mwy na190canfuwyd mathau o NTM.
Tabl 1: Gwybodaeth am Gyffuriau 18+6+190+NTM
Mantais cynnyrch
Addasrwydd clinigol cryf: gellir canfod y samplau sbwtwm yn uniongyrchol gydag asiant hunan-hylifiad heb ddiwylliant.
Mae'r llawdriniaeth arbrofol yn syml: mae'r rownd gyntaf o weithrediad ymhelaethu yn syml, ac mae gwaith adeiladu'r llyfrgell wedi'i gwblhau mewn 3 awr, sy'n gwella effeithlonrwydd gwaith.
Teipio cynhwysfawr ac ymwrthedd i gyffuriau: yn cwmpasu safleoedd teipio a gwrthsefyll cyffuriau MTB ac NTM, sef y pwyntiau allweddol o bryder clinigol, teipio cywir a chanfod ymwrthedd i gyffuriau, cefnogi meddalwedd dadansoddi annibynnol, a chynhyrchu adroddiadau dadansoddi gydag un clic.
Cydnawsedd: cydweddoldeb cynnyrch, addasu i lwyfannau prif ffrwd ILM ac MGI/ONT.
Manyleb cynnyrch
| Cod cynnyrch | Enw Cynnyrch | Llwyfan canfod | manylebau |
| HWTS-NGS-T001 | Teipio mycobacterium a phecyn canfod ymwrthedd i gyffuriau (dull mwyhau amlblecs) | ONT, Illumina, MGI, Salus pro | 16/96rxn |
Amser post: Ionawr-23-2024